1、重建轻管问题突出，缺乏健全的服务体系与管理体系

在我国农村建立的水利工程，除了少部分是由市政府水利部门进行管理之外，其他都是由乡镇来对其进行管理。乡镇在对水利工程进行管理过程中，往往会只安排一名管理人员，一方面没有较高的专业能力以及服务水平，另一方面工作繁杂，这就无法对水利工程进行严格的管理。由于农村资金方面不足，没有专业的技术人员，因此乡镇只能够安排一下弱势人员来管理各种水利设施，当其出现问题并不能够及时维护，导致水利工程无法充分发挥作用。

2、水利设施老化失修，功能无法充分发挥

目前，在农村所存在的水利工程大多都是在上个世纪建设的，由于受到当时条件的影响，水利工程的质量根本无法保证，再加上使用时间过长，人们没有对其合理的管理，导致水利设施老化失修，降低了水利工程的使用质量与价值。

3、水利排管体系遭到严重的破坏

近年来，为了进一步加快新农村的建设进度，政府以及广大人民群众过度开垦土地，导致原来建设的农田水利工程的基础设施遭到的严重的破坏，农民开始将水利工程周边的沟渠直接改造成农田进行农作物的种植，这就导致农田水利工程无法充分发挥作用，最终可能导致农作物减收，无法提高农村的经济水平。

4、资金投入相对不足，整合力度不强

由于政府财政困难，劳动力外出打工，造成劳动力缺乏，农民自筹资金有限，投资投劳解决不了大问题。近几年中央和省财政增加的小型农田水利建设专项资金、农村公益事业“一事一议”奖补资金，项目分散在众多部门管理，很难形成项目统筹安排、资金合力投入的局面。