惠州工程职业学院有电子工程系、信息工程系、生物工程系、财经商贸系、工艺设计系、交通工程系、自动控制工程系、环境工程系、土木工程系、畜牧兽医系等院系，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。

1、教学机构
电子工程系

信息工程系

生物工程系

财经商贸系

工艺设计系

交通工程系

自动控制工程系

环境工程系

土木工程系

化学工程学

畜牧兽医系

人文教育系

马克思主义教学部

中职部

机电工程系

2、惠州工程职业学院简介
惠州工程职业学院（英文：Huizhou Engineering vocational college）是广东省人民政府批准，高标准、高起点成立的现代化公办普通高等院校。位于粤港澳大湾区和珠江三角洲的中心城市 - 惠州。
2016年12月27日，广东省高校设置评议委员会召开全体会议，经评议表决，同意惠州市人民政府设立惠州工程职业学院。