黑龙江生态工程职业学院有生态工程系、环境保护系、生物技术系、工程技术系、经济贸易系、人文社科系、机电信息工程系、军体教研部、思想政治教研部、职业规划与创业教育教研室等院系，以下是具体名单一览表，供大家参考，如有变动，以学校最新公布的信息为准。

一、院系设置
生态工程系

环境保护系

生物技术系

工程技术系

经济贸易系

人文社科系

机电信息工程系

军体教研部

思想政治教研部

职业规划与创业教育教研室

二、黑龙江生态工程职业学院简介
黑龙江生态工程职业学院（Heilongjiang Vocational Institute Ecological Engineering）坐落在哈尔滨市，是经黑龙江省人民政府批准、国家教育部备案的全日制公办普通高等学校，是教育部现代学徒制试点和“1+X”证书制度试点院校、黑龙江省骨干高职院校项目优秀建设单位、黑龙江省首批现代学徒制试点单位、黑龙江省森工林区创业培训基地。
黑龙江生态工程职业学院前身为1953年建立的原林业部所属“东北森林工业实验学校”，1985年更名为黑龙江省森林工业管理干部学院，1999年与黑龙江省林业教育学院合并，2004年4月经黑龙江省人民政府批准、教育部备案转型为全日制公办高等职业院校。